食用菌在生长、发育过程中，由于遭受其他有害微生物的侵染而引起病害。为防治病害，我们在国家规定下，选择高效低毒、低残留的药剂，严禁使用剧毒、高毒、高残留的化学农药。现介绍几种常用杀菌消毒剂。
1.多菌灵。化学性质稳定，为传统高效、低毒、内吸性杀菌剂，杀菌谱广，残效长。产品有10%、25%、50%可湿性粉剂，对青霉、曲霉、木霉、双孢蘑菇粉孢霉以及疣孢霉菌、褐斑病有良好防治效果。床面或覆土表面灭菌常用50%的多菌灵可湿性粉剂800倍液。
2.代森锌。保护性杀菌剂，对人畜安全，产品为65%、80%可湿性粉剂，可用于防治疣孢霉病、褐斑病等，一般用65%可湿性粉剂500倍液。能与杀虫剂混用。
3.甲基托布津。广谱、内吸性杀菌剂，兼有保护和治疗作用，甲基托布津在菌体内转变成多菌灵，对人畜低毒，不产生药害。有50%、70%可湿性粉剂，可防治多种真菌性病害，对棉絮状霉菌防治作用良好，在发病初期，用50%可湿性粉剂800倍液喷洒。
4.百菌清。对人畜毒性低，有保护治疗作用，药效稳定。产品为75%可湿性粉剂，用0.15%百菌清药液可防治轮枝孢霉等真菌性病害。
5.菇丰。食用菌专用消毒杀菌剂。使用1000～1500倍喷洒环境，有效抑制竞争性杂菌及菇体生长期的致病菌。在出菇间歇期使用800～1000倍液，间隔3～4天，连续喷施2～3次，有效减轻病症，使新长出的菇体不受病菌侵染正常生长。土壤处理用1500～2000倍液，能有效杀灭土中的病原菌。
6.咪鲜胺锰盐。对侵染性病害、霉菌效果好，无菇期喷洒覆土层、出菇面或处理土壤、菌袋杂菌，用量为50%可湿性粉剂1000倍液。
7.噻菌灵。对病原真菌、杂菌有良好效果，用于拌、喷土壤或喷洒地面环境，用量为500克/升悬浮剂1000倍液。
8.波尔多液。保护性杀菌剂，防治多种杂菌和病害，对曲霉、青霉、棉絮状霉菌有很好防治效果。也可用于培养料、覆土和菇房床架消毒，能在床架表面形成一道药膜，防止生霉。
9.硫黄。有杀虫、杀螨和杀菌作用，常用于熏蒸消毒，每立方米空间用量为7克，高温高湿可提高熏蒸效果。在熏蒸菇房时要注意安全。
10.石炭酸。常用杀菌剂，多与肥皂混合为乳状液，商品名称为煤酚皂液，能提高杀菌能力。在有氯化钠存在时效力增大，与酒精作用会使效力大减。对菌体细胞有损害作用，能使蛋白质变性或沉淀，1%的浓度可杀死菌体，5%则可杀死芽孢，常用于消毒和喷雾杀菌。
11.漂白粉。有效成分为漂白粉中所含有效氯，通常含量在30%左右。加水稀释成0.5%～1%浓度，用于菇房喷雾消毒。3%～4%浓度用于浸泡床架材料及接种室消毒。可杀死细菌、病毒、线虫，并可用于退菌的防治。
12.生石灰。用5%～20%石灰水喷洒或撒粉，可防治霉菌。